Viện Trần Nhân Tông là tổ chức khoa học và đào tạo đặc thù, đặc biệt, việc quyết định thành lập Viện thể hiện sự quan tâm đặc biệt của Đảng và Nhà nước tới văn hóa truyền thống dân tộc và tầm nhìn của các nhà lãnh đạo đối với văn hóa tư tưởng, tôn giáo truyền thống. Viện Trần Nhân Tông nhận thức được được đầy đủ ý nghĩa, tầm quan trọng và sứ mệnh của mình, nguyện sẽ hết lòng, hết sức vì đại sự nghiệp giáo dục và học thuật.
Viện Trần Nhân Tông sẽ là nơi từ góc độ học thuật tôn lên dòng lành mạnh, chân tu và trí tuệ của Phật giáo, góp phần phát triển tinh hoa tốt đẹp của Phật giáo mang bản sắc Việt Nam, của tư tưởng Trần Nhân Tông và văn hóa đời Trần, cũng như văn hóa truyền thống Việt Nam nói chung, góp phần vào sự nghiệp xây dựng con người Việt Nam mới trong thời đại toàn cầu hóa
Viện Trần Nhân Tông sẽ cố gắng qua các công trình nghiên cứu chuyên sâu khơi dòng chân đạo của Phật giáo, làm sáng tỏ thêm và đầy đủ thêm di sản tinh thần của Trần Nhân Tông, thời đại ông, văn hóa đời Trần, Trúc Lâm và văn hóa truyền thống Việt Nam. Thông qua hoạt động đào tạo, chủ yếu ở bậc Tiến sĩ, Viện sẽ cố gắng đào tạo những người tu hành tài năng làm hạt nhân phát triển Phật học mang tính nhân văn. Viện sẽ tích cực hoạt động xã hội kết nối yêu thương, giao lưu văn hóa, học thuật trong và ngoài nước để củng cố đoàn kết dân tộc, tăng cường tình hữu nghị giữa nhân dân các nước.