Viện Trần Nhân Tông là đơn vị thành viên của ĐHQGHN được thành lập ngày 01/9/2016 theo Quyết định số 1717/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của tổ chức khoa học và công nghệ công lập quy định tại Nghị định số 115/2005/NĐ-CP ngày 05/9/2005 của Chính phủ. Viện có chức năng, nhiệm vụ chính là nghiên cứu các di sản, giá trị văn hóa và sự nghiệp của Trần Nhân Tông, giá trị văn hóa, tư tưởng Phật giáo, thời nhà Trần và các vấn đề liên quan; tư vấn chính sách về phát triển, bảo tồn và phát huy di sản giá trị văn hóa Trần Nhân Tông và văn hóa truyền thống của dân tộc; thực hiện hoạt động đào tạo về các chuyên ngành có liên quan theo quy định. Viện là tổ chức khoa học và đào tạo đặc thù. Việc quyết định thành lập Viện thể hiện sự quan tâm đặc biệt của Đảng và Nhà nước tới văn hóa truyền thống dân tộc và tầm nhìn của các nhà lãnh đạo đối với văn hóa tư tưởng, tôn giáo truyền thống.